O sistema de fibra óptica do MICROFIBER-PAM consiste em dois pares de fibras ópticas. Um acoplador de fibra óptica conecta opticamente as fibras. Duas fibras ligam a fonte de luz e o fotomultiplicador, respectivamente, a uma extremidade do acoplador de fibra óptica. As outras duas fibras ligam a amostra à extremidade oposta do acoplador de fibra óptica.
Para medições de fluorescência, o acoplador de fibra óptica guia a luz do LED por meio de uma única fibra para a amostra e transmite a fluorescência emitida pela amostra para o fotomultiplicador. Os filtros de cor impedem que a luz do LED alcance o fotomultiplicador. Para medir a atenuação da luz, as duas fibras da amostra são colocadas em lados opostos do objeto de estudo e os filtros de cor são removidos (veja as Figuras 1 e 2 abaixo).
A excitação e a detecção da fluorescência são controladas pela unidade PAM-CONTROL, que permite a operação autônoma do MICROFIBER-PAM, mas também funciona como uma interface para a operação do sistema por um computador Windows.
A unidade PAM-CONTROL pode ser operada pelas versões 2 ou 3 do software WinControl. O sistema inclui um cabo RS-232, um adaptador USB-RS-232 (quando uma porta RS-232 não estiver disponível), um carregador MINI-PAM/L, um cabo para conectar um registrador gráfico, uma caixa de transporte e um suporte (ST-101).